服務質素
為了加強對在囚人士的安全及人道管理，服務質素處適時進行檢討和推行優化措施，以維持及提升工作表現並實踐二零一八年制定的策略發展計劃。
審核及保安組
審核課致力提供有系統和優質的內部審核工作，確保各懲教設施恪守部門的政策、規則及規例，以及符合既定的方法和標準，並善用資源，提高工作效率。
審核課提供的院所工作審核獲得ISO 9001:2015質量管理體系的認證，當中落實以風險為本的審核方針，令審核工作更具針對性，以適時應對在院所運作方面發現的風險。
審核課在懲教院所進行專題視察。
過往一年，審核課於不同懲教設施進行了4次全面視察、16次專題視察、19次跟進視察、7次保安視察及12次突擊視察。
為確保在囚人士在一個無毒品的環境中羈押，保安課全力打擊偷運違禁品進入懲教院所。在二零一八年，部門檢獲25宗毒品個案，全部毒品都在流入院所前已被截獲。
過往一年，保安課於各院所進行了150次聯合搜查行動、7930次特別搜查行動及150次夜間突擊搜查行動，並檢獲未經准許的物品。
在培訓方面，審核及保安組舉辦多項與工作相關的分享及訓練課程，包括由專家學者舉辦有關「公職人員行為失當」及「小額錢債審裁法律程序」的課程。
職員在2018世界盃反賭博行動簡報會上展示在相關搜查行動中搜獲的賭具及違禁品。
署方於各類搜查行動中檢獲未經准許的物品。
管理事務及研究組
二零一八年，為擴大及深化部門進行研究工作的能力，人力資源處的法律研究組經重組後納入服務質素處，隸屬管理事務及研究組，並分為管理事務課、研究課及法律研究課。
部門獲香港人力資源管理學會於二零一八年五月頒發「卓越應變改革管理獎」，肯定部門積極創新和敢於求變的機構文化。
管理事務課經常檢討在本署職權範圍內的相關法例、工作守則和運作手冊，以確保符合運作需要及回應社會環境轉變而產生的訴求。本署於二零一七年推出新的「抱負、任務及價值觀」，以更適切地反映本署的角色及長遠發展的重點，並獲香港人力資源管理學會於二零一八年五月頒發「卓越應變改革管理獎」，肯定部門積極創新和敢於求變的機構文化。
本署與機電工程署合作研發能於在囚人士的排泄物中檢查毒品的機械手臂系統，以取代前線職員進行厭惡性工作。
職員示範使用最新引入的易燃液體檢測儀，防止訪客攜帶易燃液體進入懲教院所。
該課除了引入先進科技產品如易燃液體檢測器等，亦探討創新科技的應用，以強化保安系統和提升運作效率。本署與機電工程署合作研發能於在囚人士的排泄物中檢查毒品的機械手臂系統，以取代前線職員進行厭惡性工作。該系統將於二零一九年初在院所進行測試。
研究課就本署運作和懲教計劃的策略規劃、監察和檢討提供研究支援，同時協助本署通過參與國際會議及論壇，包括亞洲及太平洋懲教首長會議、國際懲教及獄政專業協會會議等，與海外懲教機構交流信息、經驗和最佳的工作模式。
法律研究課就對整體懲教工作有深遠影響的法律事宜，統籌法律諮詢工作。該課亦為同事提供法律參考資料，讓他們能提升工作的專業水平。
投訴調查組
投訴調查組是由懲教署署長委任的獨立組別，職責是按照 ISO 質量管理系統的標準，迅速、徹底及公正處理和調查職權範圍內的所有投訴，致力防止日後再有同類投訴出現，以及持續提升整體服務質素。為作出監察與制衡，調查結果會由懲教署投訴委員會審核。為持續改善工作效率及強化風險管理，投訴調查組成功將ISO 9001認證升級至2015版後，會繼續研究有關範疇，致力進一步提升服務質素。
投訴調查組在二零一八年收到340宗由在囚人士、公眾人士及職員提出的投訴／求助／查詢個案。當中，由該組展開全面調查的投訴個案有81宗、轉介院所處理並由該組監察的個案有46宗，以及列為求助／查詢的個案有213宗。此外，懲教署投訴委員會合共審核和通過98宗投訴個案，並提出32項服務改善建議。
懲教署設有投訴上訴委員會，就投訴人對投訴委員會審核結果的上訴作最終決定。為擴闊委員會的組織架構及加強審議機制的獨立性，該委員會的非官方委員人數由10位增加至18位，除了太平紳士外，也吸納對懲教工作有認識的宗教人士參與。
反恐組
近年全球恐怖主義活動及形勢不斷轉變，手法愈趨多樣化，對全球包括香港的安全帶來嚴峻的挑戰。
在保安局的協調下，跨部門反恐專責組於二零一八年四月二十三日成立，成員分別來自6個紀律部隊，專職監察全球恐怖主義趨勢和反恐措施，檢討及改善香港反恐策略，拓展反恐專業培訓，以及完善各項應變計劃等。
為加強應對潛在恐怖主義的能力及配合跨部門反恐專責組的工作，本署於二零一八年四月同步成立反恐組，該組成員除執行專責組的工作外，亦負責統籌和收集反恐情報，以及處理部門內其他與反恐相關的事宜。
