竭力維持安全羈押
安全羈押是懲教署最重要的工作之一。懲教人員同心協力，緊守崗位，竭力維持懲教設施的保安、秩序和紀律，讓在囚人士在安全及穩妥的環境下靜思己過，改過自新。同時，懲教署致力改善院所設施，加強數據分析，以及打造智慧監獄。通過提升各項硬件設施，再配合部門策略發展方向，從裏到外確保羈管環境穩妥、安全、人道、合適和健康。
全「懲」抗疫
儘管香港受2019冠狀病毒病肆虐，全體懲教人員無懼疫情嚴峻，依舊堅守崗位，確保羈管環境穩妥及安全。署方早在二零一一年已制定「三級制醫療應變機制」，有系統地防止傳染病在懲教院所傳播，以及在感染個案出現時即時處理及通報。署方在制定相關應變機制時，參考了醫院管理局和其他國家的感染控制措施，並徵詢了衞生署衞生防護中心的意見。因應疫情發展，署方迅速採取一系列防疫措施，包括為新收納的在囚人士進行病毒檢測和隔離觀察、加強使用防護裝備、為每名探訪者量度體溫、在公務探訪室加設防護膠板分隔探訪者和在囚人士，以及向職員及在囚人士派發口罩等，藉以減低病毒傳播的風險，保障職員和在囚人士的健康。
另外，懲教署亦引入不少先進的防疫科技及儀器，包括「體溫探測機械人」、「紫外線消毒機械人」、「智能消毒通道」、「噴霧消毒機」、「蒸氣清洗機」和「高效空氣過濾機」等，務求加強防疫及消毒工作。署方因應疫情發展亦加強清潔院所，並成立防疫專隊，專責協調各院所的防疫工作，例如使用各類消毒設備定期為各院所的收押室、探訪室、醫院、在囚人士日間活動室和飯堂、職員宿舍和休息室、押解車輛及法院的羈留室等進行檢測及徹底消毒，改善環境衞生。
此外，為保障懲教人員、在囚人士及各使用者的安全，署方於七月中與機電工程署聯繫後，迅即安排於七月底在赤柱監獄、荔枝角收押所及羅湖懲教所的公務探訪室內試行安裝殺菌紫外光燈，並於晚間利用紫外光燈消毒公務探訪室，以減低前線人員及在囚人士感染病毒的機會。有關安裝工程已於十月完成。鑑於試行效果良好，署方會分階段在餘下懲教設施的公務探訪室安裝同類型的殺菌紫外光燈。
抗疫期間，為配合政府強烈呼籲市民護己護人，減少社交接觸及保持社交距離，署方特意在荔枝角收押所加裝多台新型視像探訪設備，讓訪客可以選擇於院所外的指定地點與院所內的在囚人士以視像形式進行親友探訪，以減少出入院所的人流及減低病毒傳播的風險。
二零二零年，懲教院所出現在囚人士確診2019冠狀病毒病的零星個案。懲教署按衞生防護中心的建議，於二零二零年九月為相關懲教院所人員及全港約7 000名在囚人士進行病毒檢測。最後測試樣本結果全為陰性。
懲教署成立一支跨組別防疫專隊，專責協調各懲教院所的防疫工作，並到訪不同懲教院所，協助院所人員應用防疫科技及儀器。
署方為相關懲教院所人員及在囚人士進行病毒檢測。
荔枝角收押所加設多台新型視像探訪設備。
為對抗疫情，部門行政分組為轄下職員提供口罩等衞生防護用品，並為派遞到院所的文件進行消毒，以減低感染風險。
危機處理
自二零一九年爆發大規模社會事件後，懲教署預期將有大量違法者，包括思想激進人士，因參與社會事件而被判入懲教設施，以致在囚人口增加，院所內爆發大型騷亂的機會亦隨之增加，對院所秩序帶來衝擊。為應對潛在危機，署方早作部署，包括重新調配資源騰出空間接收這些人士，以及讓前線同事及管理層做好心理準備，並指示他們堅守一視同仁的原則管理他們。此外，署方亦一直保持高度戒備，加強情報網絡，擴充區域應變隊編制，並強化裝備，以提升應對騷亂事件的能力。懲教署會一如既往，竭盡所能維持院所良好秩序及保安，使香港繼續成為全球最安全的都會之一。
對於在囚人士煽動其他在囚人士對抗管方、集體打鬥、挑釁懲教人員等非法行為，署方向來絕不姑息。二零二零年，懲教署出動區域應變隊分別在大欖懲教所、羅湖懲教所及荔枝角收押所(兩次)合共進行了四次大型行動，打擊在囚人士的非法活動，確保羈管環境穩妥和安全。
二零二零年三月，大欖懲教所有些在囚人士因不滿管方提升寢室的整潔及個人衞生而計劃進行集體行動，懲教署調派增援部隊到該院所，突擊搜查目標在囚人士。
懲教署接獲情報，得悉荔枝角收押所部分在囚人士不滿管方加強抗疫措施，於是計劃煽動其他在囚人士參與集體行動，對抗管方。管方調派增援部隊到該收押所，協助打擊非法活動。
懲教署持續檢視行動需要，為區域應變隊添置多項新裝備，包括自行研發的摺合式臂盾、戰術型散彈槍、轉輪式防暴槍、胡椒海綿彈、輕機槍、手提和流動液體噴射器等，力求提升這支訓練有素的隊伍的執法能力，以便更有效快捷和更安全地處理危機。
此外，署方在二零二零年年底調撥暫停使用的歌連臣角懲教所作為臨時的「區域應變隊訓練基地」，加強區域應變隊隊員的體能、戰術和防暴等訓練。
另外，以往候審在囚人士按《監獄規則》獲准飲用含酒精飲品，此項規定實行了一百六十多年，一直引致種種違紀問題，例如在囚人士借醉鬧事、挑釁職員、自殘、打鬥、非法買賣酒類飲品等，大大影響院所秩序。為了有效減少在囚人士於院所內借醉鬧事，懲教署破舊立新，由二零二零年八月十日起，限制候審在囚人士只可收受或購入不含酒精的啤酒、蘋果酒或葡萄酒，以保障懲教人員和在囚人士的人身安全。
管理有不同需要的在囚人士
部門「策略發展計劃」的重點之一，是應對在囚人士的不同需要。為協助前線人員認識在囚人士的特殊需要及解決在日常工作時可能遇到的管理困難，署方編製了不同的實務手冊，供同事參考及遵循。署方日後仍會按實際需要編製更多實務手冊，以進一步協助前線人員管理有特殊需要的在囚人士。
在囚人士膳食安排
懲教署一直與衞生署緊密合作，不時檢討在囚人士的膳食，以配合現行的國際飲食指引。本署積極採用「三低一高」(即低糖、低脂、低鹽及高纖)的原則，務求為在囚人士提供簡單而有益健康的膳食。由二零二一年一月一日起，本署提升各膳食餐類的食物質素，以及收窄各膳食餐類之間的差異，包括統一膳食餐類的肉類重量、以魚柳取代有骨魚，以及減少糖、奶粉及油的份量等。
加強監察
服務質素處轄下的保安課一直運用不同的保安策略監察在囚人士的活動，配合大大小小的搜查行動打擊違紀及違法行為，致力維持懲教院所的穩定。同時，為確保在囚人士在無毒品的環境中羈押，保安課持續打擊偷運違禁品進入懲教院所的違法行為。二零二零年，部門檢獲14宗毒品個案，成功適時截獲全部毒品。此外，截至二零二零年十二月三十一日，保安課於各院所進行了181次聯合搜查行動、9 339次特別搜查行動及142次夜間突擊搜查行動。
服務質素處轄下亦設有審核課，致力進行有系統和優質的內部審核工作，確保各懲教設施恪守部門的政策、規則及規例，並依循既定的程序和標準，而且善用資源提高工作效率。過往一年，審核課於不同的懲教設施進行了4次全面視察、30次專題視察、17次跟進視察、8次保安視察及16次突擊視察。
完善投訴機制
懲教署近年面對前所未有的挑戰，包括不時受到有組織和有計劃的抹黑指控，甚至作出挑戰署方的行為，企圖削弱署方的管治威信和打擊懲教人員的信心。對此，懲教署無懼挑戰，憑着累積多年的經驗，堅守一視同仁的管理原則，有系統地處理每宗投訴。
懲教署的投訴調查組是由懲教署署長委任的獨立組別，職責是按照ISO品質管理系統的標準，迅速、徹底及公正處理和調查涉及懲教署的投訴。
投訴調查組致力在 18 個星期內完成調查工作。為監察與制衡，懲教署投訴委員會負責審核投訴調查組的調查結果，並就調查結果作出決定。投訴委員會由懲教署的政務秘書(文職人員)擔任主席，成員包括懲教署專職教士、助理署長(服務質素)，以及其他懲教署總部的高級人員。
投訴人如不滿投訴調查組的調查結果，可向懲教署投訴上訴委員會提出上訴。上訴委員會由懲教署副署長出任主席，並由熟悉懲教署運作的社會人士(包括太平紳士和宗教人士)擔任非官方委員，負責處理就投訴委員會通過的調查結果提出的上訴，並就上訴個案作出最終決定，其獨立性確保所有上訴個案獲得公正處理。
改善設施
大部分懲教院所已有數十年歷史。為了與時並進，懲教署一直與建築署及機電工程署緊密合作，因應個別院所的設計及保安考慮，採取切實可行的措施，逐步優化院所內的設施。
為提升保安及應付運作需要，署方陸續更換殘舊的保安設施。署方早前獲立法會通過撥款，於赤柱監獄和大欖女懲教所(非重建範圍)的大部分通道、囚室和相關設施裝置「電鎖保安系統」，以取代舊式的手動操作系統，並以電動柵欄式閘門取代舊日的密封式閘門。赤柱監獄的工程項目包括安裝約2 300道電動鎖閘門及約5 000部閉路電視攝影機。工程項目於二零一八年展開，並分階段進行，預計於二零二五年年底完成。大欖女懲教所(非重建範圍)的工程項目則包括安裝約90道電動鎖閘門及約130部閉路電視攝影機。工程項目於二零二零年展開，並分階段進行，預計於二零二一年第二季完成。
此外，懲教署已獲立法會財委會批准撥款為十七間院所更換數碼閉路電視系統，並於二零二零年陸續在不同院所開展有關工程，包括在白沙灣懲教所安裝約500部閉路電視攝影機，及在小欖精神病治療中心安裝約400部閉路電視攝影機，預料工程完成後可進一步提高懲教院所的保安水平。
署方以「電鎖保安系統」取代舊式的手動操作系統，有助懲教人員快速處理緊急事故。
智慧監獄
懲教署一直與時並進，致力建立綜合及可持續發展的懲教制度。署方於二零一八年制定「策略發展計劃」，作為部門未來發展路向的藍圖。部門會以創新求變的思維，積極發展「智慧監獄」方案，促進懲教設施現代化。署方通過科技應用和工序優化，提升羈管效率和保安水平，並讓在囚人士利用科技系統管理個人日常事宜，加強他們的自理能力，有利在囚人士重新融入社會。
「智慧監獄」由四個主要系統組成，分別為「保安及監察系統」、「運作及管理系統」、「在囚人士自我管理系統」及「強化職員能力系統」。過去三年，署方與機電工程署、建築署及政府資訊科技總監辦公室等不同持份者通力合作，在多個懲教院所測試超過40個涉及不同範疇的科技項目，並在「影像分析及監察功能」、「機械人監察功能」、「移動及位置監察功能」及「在囚人士綜合智能通訊」等領域取得成果。
懲教人員通過新一代「影像分析及監察系統」偵測在囚人士的異常行為，藉此加強執法及監管能力。
智能機械人監察系統。
「移動及位置監察系統」配合「智慧手帶」一併應用，可協助懲教人員更準確地監察及追蹤在囚人士在院所內的實時位置。「智慧手帶」同時具備偵測在囚人士維生指標和緊急召喚功能，有助懲教人員更迅速地處理突發醫療事故。
在囚人士亦可以通過「智慧手帶」使用一系列「在囚人士自我管理系統」。
「在囚人士綜合智能通訊系統」讓在囚人士獲得院所管方批准後，以自助形式致電海外和本地的指定親友。系統配置語音關鍵字詞識別及第三方通話偵測功能，可偵測通話期間的不當行為，確保院所安全。
署方參考不同科技項目的測試成果，並顧及大潭峽懲教所的地理環境及運作需要，藉整合多個系統構建嶄新的管理模式，把大潭峽懲教所打造成本港首間「智慧監獄」。大潭峽懲教所的改建工程為署方提供了寶貴的經驗，為「智慧監獄」未來的長遠發展奠定穩固的基礎。署方會繼續積極探究及發展不同的科技項目，持續為設施現代化注入智慧元素，並採用人性化的管理模式，改善懲教人員的工作環境和精簡繁瑣及耗費體力的日常工作程序，務求提升院所運作效率，締造更安全、穩妥及和諧的羈押環境。
加強數據應用
除了應用新科技於懲教工作外，懲教署亦持續為各項重要工作制定指標及定期編製統計數據，以檢視院所的管理情況及評估各項更生計劃的成效。署方亦開始籌建綜合數據平台以匯集不同資訊系統的數據，供管理人員分析與研究。此外，懲教署積極參與政府的開放數據計劃，自二零一九年起，署方向公眾發布15項有關懲教工作的統計指標，並安排於二零二一年二月再增加發布12項指標。
