行政及策划
| 行政组 | 会计组 | 整合科技组 | 工程及策划组 | 公共关系及对外事务组 | 统计及研究组 |
行政及策划处由一名首长级丙级政务官掌管，包括以下各组别：行政组、会计组、整合科技组、工程及策划组、公共关系及对外事务组和统计及研究组。
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行政组
部门行政分组负责为本署总部和惩教院所提供行政及后勤支援，包括资源、环保、档案和楼宇管理，以及负责部门约500名一般及共通职系人员的职系管理事宜。
人事分组负责处理约6 900名职员的人事事宜，包括薪酬和津贴、假期和旅费、房屋福利、雇员补偿及终止聘用。该分组亦负责在电脑系统内存备人事档案及薪酬记录。
聘任分组处理招聘和晋升选拔工作。二零一五年，有关工作为数约35项。本署通过公开招聘，全年聘用了约310名公务员。
编制分组负责一切编制事宜，包括开设及删除职位，为运作需要临时调配职位，并为部门编制委员会提供秘书服务。
内部核数分组负责视察各院所的财政及物料供应事宜，确保有关人员遵从政府所定的规例及程序。
翻译分组负责为部门提供中英文翻译服务，以及批核院所为在囚人士安排非法定语文及方言的翻译及传译服务。
中央物料供应分组监管所有与采购、供应、物料及设备有关的行政和财务事宜。二零一四至一五年度的全年采购总开支如下：
院所物品和设备 — 6,293万元；
在囚人士衣服 — 1,543万元；
职员制服 — 710万元。
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会计组
会计组包括部门会计组、管理会计组和工业会计组，共同负责涵盖惩教工业的所有财政及会计工作。
本署在二零一五年的总开支为36.84亿元（不包括建设工程费用），较二零一四年增加12%。开支增加主要由于个人薪酬开支上升所致。从各项来源所得的全年总收入为6 800万元，其中5 800万元来自职员宿舍租金。
惩教署工业组暂记帐内的订购和收款总额分别为1.23亿元和1.22亿元。
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整合科技组
整合科技组包括电子行动组和电子行政组，为部门的日常运作提供资讯科技支援。在保安局资讯科技管理组的协助下，整合科技组亦负责策划、统筹和推行各项资讯科技项目及电子政府措施，以提高部门的运作效率。
电子行动组专责处理网络系统的发展，以及管理与行动有关的资讯科技计划和服刑资料管理系统。电子行政组则负责管理行政方面的电脑系统和计划项目，以及维护部门互联网网站和内联网系统。
二零一五年，本署因应二零一三年所订立的未来五年资讯系统策略计划完成了两项可行性研究。其中一项研究的目的是全面加强部门资讯科技的基础建设，而另一项则是集中于设立一个系统以综合惩教及更生管理，进一步改善部门长远运作效率。
除了提供日常的资讯科技应用支援外，整合科技组亦透过研究整合不同科技的可行性，致力提升部门运作效率和善用资讯科技的资源。在二零一五年二月，整合科技组推出一项流动应用程式，让部门更有效率地对外发放资讯。该流动应用程式可方便市民透过预先登记取得在囚人士的探访状况、以及浏览部门的职位空缺和接收相关信息提示服务等资讯。
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工程及策划组
工程及策划组负责与建筑署及机电工程署共同计划兴建新惩教院所及翻新现有的陈旧惩教设施。二零一五年完成的主要工程项目包括屯门屯富路纪律部队宿舍重建计划。
进行中的大型工程有大榄女惩教所的原址局部重建计划。规划中的项目包括兴建惩教署总部大楼、香港仔田湾的职员宿舍重建计划、 更换及提升赤柱监狱的闭路电视系统，以及在大榄女惩教所装置电锁保安系统。
二零一五年，我们进行多项小规模建造工程，例如扩建赤柱监狱的厨房、更换壁屋惩教所、石壁监狱及荔枝角收押所的闭路电视监察系统，在院所展开数码地面电视接收工程、改善大榄惩教所探访设施、在喜灵洲兴建中央探访室大楼，以及改善院所闭路电视系统的数码录像系统等。规划中的项目还有更换赤柱监狱广播系统及在喜灵洲兴建中央行政区。
本署继续改善成年在囚人士的职业训练设施，推动在院所采用省电照明系统和可再生能源科技的设施。此外，本署改善院所的吸烟间、消防系统、探访室设施及旗杆的工程均进展顺利。
本署一些规模较小的改善和维修工程，均有在囚人士参与。此举除了让他们在羁管期间培养良好的工作习惯，并为他们提供机会接受职业训练，从而协助他们改过自新和重新融入社会。
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公共关系及对外事务组
公共关系及对外事务组负责为部门积极推行对外联络和公共关系策略的工作。
对外事务小组负责统筹本地与内地和海外司法管辖区惩教机构的互访和专业交流活动。二零一五年，小组继续安排政府新闻处“贵宾访港计划”的访客参观惩教设施，让他们更加了解本署的羁管和更生工作。除了内地和海外的访客，对外事务小组亦安排正在就读与香港司法制度和惩教工作相关课程之本地大学生参观惩教设施，加深学生对惩教工作的了解。
鉴于近年非本地在囚人口有所增加，对外事务小组与驻港外国领事馆保持定期接触和紧密联系，并安排领事馆人员参观惩教院所。
对外事务小组亦会统筹联络主任训练课程，安排有潜质的职员参与专业礼宾训练，为参加部门大型活动和来访的团体及宾客，提供联络和接待的服务，以提升部门的形象。
公共关系小组负责向传媒发放有关本署各项计划、服务和活动的消息，通过向传媒全面提供相关资料，可让更多市民得知本署提供的羁管工作及更生安排的最新情况。
公共关系小组亦处理新闻界的查询，发放新闻稿，筹办新闻发布会和记者招待会，安排传媒与惩教署人员会面及参观惩教院所。
二零一五年，公共关系小组委托公司拍摄了最新部门影片“同一样的使命，非一般的任务”以及制作数部短片，介绍部门更生工作和活动，上载惩教署Youtube频道。
此外，该小组亦协助制作宣传物品，电视、电台的政府宣传声带和短片。该小组亦负责本署年报及《爱群》月刊的编制工作。
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统计及研究组
统计及研究组负责就部门运作和惩教计划的策略规划、监察和检讨，提供统计资料和研究支援。
除编制统计报告以应付部门的管理及规划需要外，该组亦收集有关在囚人口的社会经济和犯罪背景特征的统计数字，以及定期更新在囚人口的推算数字，为日后的需要作出评估。该组亦协助研究罪犯在入狱前的吸毒情况、在囚期间的自残行为、暴力行为和违反纪律行为、及本地罪犯在获释后的再犯罪情况，以期尽量提升惩教治疗、惩教行动和行政工作的成效。该组所提供的研究支援有助制订政策和其他相关工作。