行政及策划
行政及策划处由一名首长级丙级政务官掌管，包括以下各组别：行政组、会计组、整合科技组、资讯科技管理组、工程及策划组、公共关系及对外事务组、媒体传讯组和统计组。
改善设施
大部分惩教院所已有数十年历史。为了与时并进，惩教署一直与建筑署及机电工程署紧密合作，因应个别院所的设计及保安考虑，采取切实可行的措施，逐步优化院所内的设施。
为加快紧急支援、加强院所保安及提升管理效率，署方获立法会通过拨款，在高度设防院所（包括赤柱监狱、壁屋惩教所、石壁监狱、小榄精神病治疗中心和大榄女惩教所（非重建范围））的大部分通道、囚室和相关设施陆续安装「电锁保安系统」，以电动栅栏式闸门取代旧式手动机械锁开关闸门。截至二零二一年年底，大榄女惩教所（非重建范围）的工程项目已经顺利完成，而赤柱监狱及石壁监狱的工程项目则仍在进行，余下两间院所的工程项目亦会陆续展开。
此外，惩教署亦会陆续为院所更换数码闭路电视系统，并研究在系统中加入体温探测功能，以确保羁管环境安全和协助监测在囚人士的健康状况。预计工程完成后，可进一步提高惩教院所的保安水平及有效减低病毒在院所内传播的风险。
惩教署在年内采取了多项措施改善羁押环境，包括改善院所的空气流通情况。除恒常更换风扇外，亦加装风力较强的牛角扇及具防自杀设计的滚筒扇，并循序渐进地安装通风效能较佳的新式闸门及窗户，力求改善空气流通问题。
加强数据应用
除了优化惩教设施及应用新科技以精简工作程序外，惩教署亦持续为各项重要工作制订指标及定期编制统计数据，以检视院所的管理情况及评估各项更生计划的成效。署方亦正筹建一个综合数据平台，以汇集不同资讯系统的数据，供管理人员作分析和研究之用。此外，惩教署积极参与政府的开放数据计划。自二零一九年起，署方向公众发布了30项有关惩教工作的统计数据。
宣传推广
本署的公共关系组以多种形式向市民发放部门的新闻及资讯，包括向传媒发放新闻稿和图片、处理传媒查询、举行记者会，以及安排传媒访问、采访及参观等。另外，该组亦不时更新部门的宣传影片，以及负责制作年报及部门刊物《爱羣》月刊，让市民了解署方的工作及最新发展。
惩教署于二零一八年成立媒体传讯组，以创新的拍摄手法和充满创意的故事大纲制作了多部短片，藉此加深公众对惩教工作的认识，并向青少年和社会推广更生信息和正面的价值观。二零二零年和二零二一年，署方制作的短片在多个国际大赛合共夺得26个奖项；另外亦通过面书专页，发布各种题材的帖文和资讯，向市民大众（尤其是青年人）分享惩教工作和相关的资讯。
曾参与黑暴的青少年在囚人士接受传媒访问，希望通过分享自身经历，告诫青年人三思而后行。
惩教署推出以「智慧创未来」为标题的全新部门影片，介绍部门的主要工作及最新发展。
惩教署制作的短片在多个国际大赛夺得奖项。
新惩教总部大楼
为配合惩教署未来的发展和运作需要，署方已于二零二一年第一季展开位于柴湾盛泰道的惩教署总部大楼工程，预计于二零二四年第四季完工。惩教署计划把现时分布在不同地区的主要办公室和设施一并迁往总部大楼，以提升协调能力和运作效率，有利于部门长远发展。