服务质素
服务质素处在二零一六年一如既往，适时进行检讨和推行优化措施，以维持及提升工作表现。
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审核及保安组
审核课致力提供有系统和优质的审核工作，确保各惩教设施恪守部门的政策、规则及规例，以及既定方法和标准，并善用资源，提高工作效率。
二零一六年，审核课于不同惩教设施进行了4次全面视察、22次专题视察、26次跟进视察、14次保安视察及12次突击视察。
为提升工作表现，以及因应社会和惩教环境的转变，审核课继续推出多项提升保安设施和改善保安程序方面的措施，以切合公众期望。其中在二零一六年覆检对访客进行保安检查的程序指引及于所有惩教院所大闸引入高灵敏度手提金属探测器，防止任何人将未获授权物品带进惩教院所。
为确保在囚人士在一个无毒品的环境中羁押，保安课在二零一六年全力打击偷运违禁品进入惩教院所。部门检获40宗毒品个案，全部毒品都在流入院所前已被截获。
杜绝惩教设施内的赌博和其他非法活动，是保安课的重要工作之一。部门透过可靠情报网络和频密搜查行动，致力减少该类活动。二零一六年，保安课于各院所进行了135次联合搜查行动、7 110次特别搜查行动及132次夜间突击搜查行动，成效显著。
在培训方面，审核及保安组除派员参加不同纪律部队举办的课程，亦为服务质素处人员举办多项与工作相关的训练课程，包括与专家学者举办有关「酷刑声请」、「调查技巧」、「平等机会」及「个人资料（私隐）条例」的课程。
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投诉调查组
投诉调查组由惩教署署长委任，负责处理及调查职权范围内的所有投诉。调查结果由惩教署投诉委员会审核。该组会进行服务对象满意程度调查，以了解有关人士对服务的满意程度。二零一六年的调查结果显示，服务满意评级超过90%。投诉调查组自二零零零年开始引进国际质量认证管理系统，在同年八月获香港质量保证局颁授质素管理系统证书，并于二零零九年一月成功将认证升级至ISO9001: 2008版，标志着投诉调查组不断努力提升服务质素的成果。
投诉调查组在二零一六年收到345宗由在囚人士和市民提出的投诉/求助/查询个案。当中，由该组展开全面调查的投诉个案有120宗、转介院所处理并由该组监察的个案有44宗，以及列为求助/查询的个案有181宗。此外，惩教署投诉委员会合共审议和通过113宗投诉个案，并提出21项改善服务建议。
本署于二零一六年八月一日正式成立投诉上诉委员会，务求进一步提升部门处理投诉机制的透明度和公信力。新成立的投诉上诉委员会由本署副署长出任主席，并由熟悉惩教工作的社会贤达担任非官方委员，目前共有十位人士(他们均为非官守太平绅士)应邀出任委员一职。该委员会取代以往由惩教署投诉委员会处理投诉覆检的工作，以及上诉至署长的安排，并就投诉人对投诉委员会审议结果的上诉作最终检视。
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管理事务及研究组
二零一六年，行政及策划处的研究组经重组后纳入服务质素处，组成新的管理事务及研究组，并分为研究课和管理事务课。
研究课负责就本署运作和惩教计划的策略规划、监察和检讨提供研究支援，同时协助本署通过国际会议及论坛，包括亚洲及太平洋惩教首长会议、国际惩教及狱政专业协会会议等，与海外惩教机关保持交流。
管理事务课不时检讨在本署职权范围内的相关法例、工作守则和运作手册，以确保符合运作需要及回应社会环境转变而产生的诉求。二零一六年，该课与公务员培训处共同检讨本署的抱负、任务及价值观，使本署能够与时并进，配合长远发展需要。
管理事务课亦探讨现代科技的应用，以提升运作效率和加强保安。本署于二零一五年就随身摄录机的应用完成了试行计划。二零一六年，随身摄录机已于部份惩教院所及其探访范围、旺角辅导中心和押解及支持组使用，以助职员处理突发事件，如涉及暴力、违禁品、自残或对抗行为等。监管职员在执行把违反监管条件的受监管者召回惩教院所的行动时，亦可能会使用随身摄录机。
继励敬惩教所和小榄精神病治疗中心于二零一六年开始使用低辐射X光身体扫描仪后，所有收押所现已配备X光身体扫描仪，取代大部分以人手对在囚人士进行的直肠检查。二零一七年年初，荔枝角收押所亦会添置多一部低辐射X光身体扫描仪。