行政及策划
| 行政组 | 会计组 | 整合科技组 | 工程及策划组 | 公共关系及对外事务组 | 统计组 |
行政及策划处由一名首长级丙级政务官掌管，包括以下各组别：行政组、会计组、整合科技组、工程及策划组、公共关系及对外事务组和统计组。
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行政组
部门行政分组负责为惩教署总部和惩教院所提供行政及后勤支援，包括资源、环保、档案和楼宇管理，以及负责部门约500名一般及二级工人职系人员的职系管理事宜。
人事分组负责处理约6 900名职员的人事事宜，包括薪酬和津贴、假期和旅费、房屋福利、雇员补偿及终止聘用。该分组亦负责在电脑系统内存备人事档案及薪酬记录。
聘任分组处理招聘和晋升选拔工作。二零一六年，有关工作为数约20项。本署通过公开招聘，全年聘用了约460名公务员。
编制分组负责一切编制事宜，包括开设及删除职位，为运作需要临时调配职位，并为部门编制委员会提供秘书服务。
内部核数分组负责视察各院所的财政及物料供应事宜，确保有关人员遵从政府所定的规例及程序。
翻译分组负责为本署提供中英文翻译服务，以及批核院所为在囚人士安排非法定语文及方言的翻译及传译服务。
中央物料供应分组监管所有与采购、供应、物料及设备有关的行政和财务事宜。二零一五至一六年度的全年采购总开支如下：
院所物品和设备 — 5,967万元；
在囚人士衣服 — 1,590万元；
职员制服 — 669万元。
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会计组
会计组包括部门会计组、管理会计组和工业会计组，共同负责涵盖惩教工业的所有财政及会计工作。
本署在二零一六年的总开支为37.01亿元(不包括建设工程费用)，较二零一五年增加0.5%。开支增加主要由于公务员公积金供款开支上升所致。从各项来源所得的全年总收入为7,900万元，其中5,900万元来自职员宿舍租金。
惩教工业暂记账内的订购和收款总额分别为1.28亿元和1.32亿元。
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整合科技组
整合科技组包括电子行动组、电子行政组和专责项目组，为惩教署的日常运作提供资讯科技支援和推行综合惩教及更生管理系统。在保安局资讯科技管理组的协助下，整合科技组亦负责策划、统筹和推行各项资讯科技项目及电子政府措施，以提高惩教署的运作效率。
电子行动组负责处理网络系统的发展，以及管理与行动有关的资讯科技计划和服刑资料管理系统。电子行政组则负责管理行政方面的电脑系统和计划项目，以及维护部门互联网网站和内联网系统。
二零一六年六月成立的专责项目组负责推行综合惩教及更生管理系统，以更换核心资讯科技系统和提升资讯科技基础设施容量，进一步改善长远运作效率。该项目于二零一六年五月获得立法会财务委员会批准拨款3.53亿元，预期于二零二二年之内完成。
除了提供日常的资讯科技应用支援和推行新系统外，整合科技组亦透过研究整合不同科技的可行性，致力提升部门运作效率和善用资讯科技的资源。
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工程及策划组
工程及策划组负责与建筑署及机电工程署共同计划兴建新惩教院所及翻新现有的陈旧惩教设施。二零一六年完成的主要工程项目包括大榄女惩教所的局部重建计划。
其他项目包括兴建惩教署总部大楼计划、香港仔田湾惩教署职员宿舍建造工程、在赤柱监狱、白沙湾惩教所及小榄精神病治疗中心更换及提升闭路电视系统，以及在赤柱监狱及大榄女惩教所的非重建区装置电锁保安系统。
二零一六年，我们进行多项小规模建造工程，例如在院所进行数码地面电视接收工程、在喜灵洲兴建中央探访室，以及改善相关院所闭路电视系统的数码录像系统等。
本署继续改善在囚人士的职业训练设施，推动在院所采用省电照明系统的设施。
本署一些规模较小的维修工程，均有在囚人士参与。此举除了让他们在羁管期间培养良好的工作习惯，并为他们提供机会接受职业训练，从而协助他们改过自新和重新融入社会。
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公共关系及对外事务组
公共关系及对外事务组负责积极推行公共关系策略和联系对外机构的工作。
对外事务小组负责统筹与本地、内地和海外的司法或惩教机构的互访和交流活动。二零一六年，小组继续安排来自政府新闻处「贵宾访港计划」的宾客和正在就读与香港司法制度和惩教工作相关课程之本地大学生参观惩教设施，推广和介绍惩教工作。
鉴于近年来自其他国家的在囚人士的数目持续上升，对外事务小组与驻港外国领事馆保持紧密联系，协助外籍在囚人士解决问题。对外事务小组并处理领事馆日常的查询工作，安排领事馆人员出席分享活动和参观惩教院所，加强领事馆人员对惩教工作的了解。
对外事务小组每年举办联络主任训练课程，安排有潜质的职员参与礼宾训练。这些联络主任除了有机会接待来访的团体外，并会参与本署大型活动的礼宾工作。
公共关系小组负责向传媒发放有关本署各项计划、服务和活动的消息。该小组亦处理新闻界的查询，发放新闻稿，筹办记者招待会，安排传媒采访惩教署人员及惩教设施。
二零一五年，惩教署透过公共关系小组委托制作公司摄制了最新部门影片「同一样的使命，非一般的任务」，向市民介绍本署保障公众安全、减少罪案的使命及各项主要任务和工作，包括安全羁管及适切更生计划两大核心范畴，以及与伙伴合作以加强社区教育，推广「奉公守法、远离毒品、支持更生」的信息。部门影片荣获两项国际奖项，包括在二零一五年获得美国Accolade Global Film Competition的学院／大学／政府类别的优异奖(Award of Merit : Special Mention)，以及在二零一六年美国休士顿第49届国际影展夺得「政府关系组别」金雷米奖。影片已上载到惩教署YouTube频道供市民浏览。
公共关系小组亦自行制作不同短片，题材包括「欣赏香港」的两项活动，即惩教署于香港花卉展览2016的摊位和名为「惩系香江、欣赏我家」的职员训练院开放日活动，还有成功更生故事、警卫犬队生力军及部门活动等，并已上载到惩教署YouTube频道，让公众更了解惩教署工作。
此外，该小组亦协助制作宣传物品，电视、电台的政府宣传录音和短片，也负责本署年报及《爱羣》月刊的编制工作。
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统计组
统计组就部门运作和惩教计划的策略规划、监察和检讨，提供统计服务。除了编制统计报告以便管理之用外，该组会定期进行在囚人口的推算，为日后的需要作出评估。统计组亦协助研究在囚人士在入狱前的吸毒情况、在囚期间的自残行为、暴力行为和违反纪律行为、及本地在囚人士在获释后的再犯罪情况，以期尽量提升惩教治疗的成效及协助制订政策。