服務質素
服務質素處在二零一六年一如既往，適時進行檢討和推行優化措施，以維持及提升工作表現。
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審核及保安組
審核課致力提供有系統和優質的審核工作，確保各懲教設施恪守部門的政策、規則及規例，以及既定方法和標準，並善用資源，提高工作效率。
二零一六年，審核課於不同懲教設施進行了4次全面視察、22次專題視察、26次跟進視察、14次保安視察及12次突擊視察。
為提升工作表現，以及因應社會和懲教環境的轉變，審核課繼續推出多項提升保安設施和改善保安程序方面的措施，以切合公眾期望。其中在二零一六年覆檢對訪客進行保安檢查的程序指引及於所有懲教院所大閘引入高靈敏度手提金屬探測器，防止任何人將未獲授權物品帶進懲教院所。
為確保在囚人士在一個無毒品的環境中羈押，保安課在二零一六年全力打擊偷運違禁品進入懲教院所。部門檢獲40宗毒品個案，全部毒品都在流入院所前已被截獲。
杜絕懲教設施內的賭博和其他非法活動，是保安課的重要工作之一。部門透過可靠情報網絡和頻密搜查行動，致力減少該類活動。二零一六年，保安課於各院所進行了135次聯合搜查行動、7 110次特別搜查行動及132次夜間突擊搜查行動，成效顯著。
在培訓方面，審核及保安組除派員參加不同紀律部隊舉辦的課程，亦為服務質素處人員舉辦多項與工作相關的訓練課程，包括與專家學者舉辦有關「酷刑聲請」、「調查技巧」、「平等機會 」及「個人資料（私隱）條例」的課程。
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投訴調查組
投訴調查組由懲教署署長委任，負責處理及調查職權範圍內的所有投訴。調查結果由懲教署投訴委員會審核。該組會進行服務對象滿意程度調查，以了解有關人士對服務的滿意程度。二零一六年的調查結果顯示，服務滿意評級超過90%。投訴調查組自二零零零年開始引進國際品質認證管理系統，在同年八月獲香港品質保證局頒授質素管理系統證書，並於二零零九年一月成功將認證升級至ISO9001: 2008 版，標誌着投訴調查組不斷努力提升服務質素的成果。
投訴調查組在二零一六年收到345宗由在囚人士和市民提出的投訴/求助/查詢個案。當中，由該組展開全面調查的投訴個案有120宗、轉介院所處理並由該組監察的個案有44宗，以及列為求助/查詢的個案有181宗。此外，懲教署投訴委員會合共審議和通過113宗投訴個案，並提出21項改善服務建議。
本署於二零一六年八月一日正式成立投訴上訴委員會，務求進一步提升部門處理投訴機制的透明度和公信力。新成立的投訴上訴委員會由本署副署長出任主席，並由熟悉懲教工作的社會賢達擔任非官方委員，目前共有十位人士(他們均為非官守太平紳士)應邀出任委員一職。該委員會取代以往由懲教署投訴委員會處理投訴覆檢的工作，以及上訴至署長的安排，並就投訴人對投訴委員會審議結果的上訴作最終檢視。
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管理事務及研究組
二零一六年，行政及策劃處的研究組經重組後納入服務質素處，組成新的管理事務及研究組，並分為研究課和管理事務課。
研究課負責就本署運作和懲教計劃的策略規劃、監察和檢討提供研究支援，同時協助本署通過國際會議及論壇，包括亞洲及太平洋懲教首長會議、國際懲教及獄政專業協會會議等，與海外懲教機關保持交流。
管理事務課不時檢討在本署職權範圍內的相關法例、工作守則和運作手冊，以確保符合運作需要及回應社會環境轉變而產生的訴求。二零一六年，該課與公務員培訓處共同檢討本署的抱負、任務及價值觀，使本署能夠與時並進，配合長遠發展需要。
管理事務課亦探討現代科技的應用，以提升運作效率和加強保安。本署於二零一五年就隨身攝錄機的應用完成了試行計劃。二零一六年，隨身攝錄機已於部份懲教院所及其探訪範圍、旺角輔導中心和押解及支援組使用，以助職員處理突發事件，如涉及暴力、違禁品、自殘或對抗行為等。監管職員在執行把違反監管條件的受監管者召回懲教院所的行動時，亦可能會使用隨身攝錄機。
繼勵敬懲教所和小欖精神病治療中心於二零一六年開始使用低輻射X光身體掃描器後，所有收押所現已配備X光身體掃描器，取代大部分以人手對在囚人士進行的直腸檢查。二零一七年年初，荔枝角收押所亦會添置多一部低輻射X光身體掃描器。