行政及策劃
| 行政組 | 會計組 | 整合科技組 | 工程及策劃組 | 公共關係及對外事務組 | 統計組 |
行政及策劃處由一名首長級丙級政務官掌管，包括以下各組別：行政組、會計組、整合科技組、工程及策劃組、公共關係及對外事務組和統計組。
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行政組
部門行政分組負責為懲教署總部和懲教院所提供行政及後勤支援，包括資源、環保、檔案和樓宇管理，以及負責部門約500名一般及二級工人職系人員的職系管理事宜。
人事分組負責處理約6 900名職員的人事事宜，包括薪酬和津貼、假期和旅費、房屋福利、僱員補償及終止聘用。該分組亦負責在電腦系統內存備人事檔案及薪酬記錄。
聘任分組處理招聘和晉升選拔工作。二零一六年，有關工作為數約20項。本署通過公開招聘，全年聘用了約460名公務員。
編制分組負責一切編制事宜，包括開設及刪除職位，為運作需要臨時調配職位，並為部門編制委員會提供秘書服務。
內部核數分組負責視察各院所的財政及物料供應事宜，確保有關人員遵從政府所定的規例及程序。
翻譯分組負責為本署提供中英文翻譯服務，以及批核院所為在囚人士安排非法定語文及方言的翻譯及傳譯服務。
中央物料供應分組監管所有與採購、供應、物料及設備有關的行政和財務事宜。二零一五至一六年度的全年採購總開支如下：
院所物品和設備 — 5,967萬元；
在囚人士衣服 — 1,590萬元；
職員制服 — 669萬元。
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會計組
會計組包括部門會計組、管理會計組和工業會計組，共同負責涵蓋懲教工業的所有財政及會計工作。
本署在二零一六年的總開支為37.01億元(不包括建設工程費用)，較二零一五年增加0.5%。開支增加主要由於公務員公積金供款開支上升所致。從各項來源所得的全年總收入為7,900萬元，其中5,900萬元來自職員宿舍租金。
懲教工業暫記帳內的訂購和收款總額分別為1.28億元和1.32億元。
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整合科技組
整合科技組包括電子行動組、電子行政組和專責項目組，為懲教署的日常運作提供資訊科技支援和推行綜合懲教及更生管理系統。在保安局資訊科技管理組的協助下，整合科技組亦負責策劃、統籌和推行各項資訊科技項目及電子政府措施，以提高懲教署的運作效率。
電子行動組負責處理網絡系統的發展，以及管理與行動有關的資訊科技計劃和服刑資料管理系統。電子行政組則負責管理行政方面的電腦系統和計劃項目，以及維護部門互聯網網站和內聯網系統。
二零一六年六月成立的專責項目組負責推行綜合懲教及更生管理系統，以更換核心資訊科技系統和提升資訊科技基礎設施容量，進一步改善長遠運作效率。該項目於二零一六年五月獲得立法會財務委員會批准撥款3.53億元，預期於二零二二年之內完成。
除了提供日常的資訊科技應用支援和推行新系統外，整合科技組亦透過研究整合不同科技的可行性，致力提升部門運作效率和善用資訊科技的資源。
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工程及策劃組
工程及策劃組負責與建築署及機電工程署共同計劃興建新懲教院所及翻新現有的陳舊懲教設施。二零一六年完成的主要工程項目包括大欖女懲教所的局部重建計劃。
其他項目包括興建懲教署總部大樓計劃、香港仔田灣懲教署職員宿舍建造工程、在赤柱監獄、白沙灣懲教所及小欖精神病治療中心更換及提升閉路電視系統，以及在赤柱監獄及大欖女懲教所的非重建區裝置電鎖保安系統。
二零一六年，我們進行多項小規模建造工程，例如在院所進行數碼地面電視接收工程、在喜靈洲興建中央探訪室，以及改善相關院所閉路電視系統的數碼錄像系統等。
本署繼續改善在囚人士的職業訓練設施，推動在院所採用省電照明系統的設施。
本署一些規模較小的維修工程，均有在囚人士參與。此舉除了讓他們在羈管期間培養良好的工作習慣，並為他們提供機會接受職業訓練，從而協助他們改過自新和重新融入社會。
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公共關係及對外事務組
公共關係及對外事務組負責積極推行公共關係策略和聯繫對外機構的工作。
對外事務小組負責統籌與本地、內地和海外的司法或懲教機構的互訪和交流活動。二零一六年，小組繼續安排來自政府新聞處「貴賓訪港計劃」的賓客和正在就讀與香港司法制度和懲教工作相關課程之本地大學生參觀懲教設施，推廣和介紹懲教工作。
鑑於近年來自其他國家的在囚人士的數目持續上升，對外事務小組與駐港外國領事館保持緊密聯繫，協助外籍在囚人士解決問題。對外事務小組並處理領事館日常的查詢工作，安排領事館人員出席分享活動和參觀懲教院所，加強領事館人員對懲教工作的了解。
對外事務小組每年舉辦聯絡主任訓練課程，安排有潛質的職員參與禮賓訓練。這些聯絡主任除了有機會接待來訪的團體外，並會參與本署大型活動的禮賓工作。
公共關係小組負責向傳媒發放有關本署各項計劃、服務和活動的消息。該小組亦處理新聞界的查詢，發放新聞稿，籌辦記者招待會，安排傳媒採訪懲教署人員及懲教設施。
二零一五年，懲教署透過公共關係小組委託製作公司攝製了最新部門影片「同一樣的使命，非一般的任務」，向市民介紹本署保障公眾安全、減少罪案的使命及各項主要任務和工作，包括安全羈管及適切更生計劃兩大核心範疇，以及與伙伴合作以加強社區教育，推廣「奉公守法、遠離毒品、支持更生」的信息。部門影片榮獲兩項國際獎項，包括在二零一五年獲得美國Accolade Global Film Competition的學院／大學／政府類別的優異獎(Award of Merit : Special Mention)，以及在二零一六年美國休士頓第49屆國際影展奪得「政府關係組別」金雷米獎。影片已上載到懲教署YouTube頻道供市民瀏覽。
公共關係小組亦自行製作不同短片，題材包括「欣賞香港」的兩項活動，即懲教署於香港花卉展覽2016的攤位和名為「懲繫香江、欣賞我家」的職員訓練院開放日活動，還有成功更生故事、警衛犬隊生力軍及部門活動等，並已上載到懲教署YouTube頻道，讓公眾更了解懲教署工作。
此外，該小組亦協助製作宣傳物品，電視、電台的政府宣傳錄音和短片，也負責本署年報及《愛羣》月刊的編製工作。
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統計組
統計組就部門運作和懲教計劃的策略規劃、監察和檢討，提供統計服務。除了編製統計報告以便管理之用外，該組會定期進行在囚人口的推算，為日後的需要作出評估。統計組亦協助研究在囚人士在入獄前的吸毒情況、在囚期間的自殘行為、暴力行為和違反紀律行為、及本地在囚人士在獲釋後的再犯罪情況，以期盡量提升懲教治療的成效及協助制訂政策。