懲教署一直堅守刑事司法體系最後一道防線，竭力維持安全及穩定的羈押環境，協助在囚人士改過自新。自二零一九年黑暴事件後，大批涉及違反《香港國安法》或相關罪行的人士相繼入獄，當中包括思想激進或觸犯嚴重罪行的人士，對懲教院所的穩定和秩序帶來一定衝擊。為預防思想激進的在囚人士仿效獄外人士濫用群眾力量的做法，在懲教院所組織集體行動對抗管方，服務質素處轄下的保安課採取「零容忍」及「防患未然」的策略，通過有效的情報網絡及頻密的搜查行動，力求杜絕集體勢力於院所內萌芽。

杜絕懲教設施內的賭博和其他非法活動，也是保安課的重要工作之一。二零二二年世界盃舉行期間，保安課通過可靠情報網絡，採取一連串反賭博措施，同時加強搜查，防止在囚人士收藏違禁品及將違禁品帶進懲教院所，以確保羈管環境安全穩妥。二零二二年，保安課於各院所進行了合共229次聯合搜查行動、12 094次特別搜查行動及162次夜間搜查行動，成效顯著。

為確保在囚人士在無毒品的環境中改過自新，保安課多年來不斷探究引入新科技，以協助堵截毒品流入院所。自引入相關科技後，偷運毒品進入院所的個案大減。二零二二年，部門共查獲六宗毒品個案。

服務質素處轄下亦設有審核課，致力針對院所運作的風險進行有系統和優質的內部審核，確保各懲教設施恪守部門的政策、規則及規例；依循既定的程序和標準；以及善用資源提高工作效率。二零二二年，審核課於不同的懲教設施進行了四次全面視察、26次專題視察、28次跟進視察、12次保安視察及14次突擊視察。

在培訓方面，審核及保安組安排多項與工作相關的分享及訓練課程，當中亦增加了有關《香港國安法》、管理思想激進的在囚人士及誠信管理等元素，並運用情境訓練加強同事應對日常突發事件的能力。

管理事務及研究組分為管理事務課及研究課。

管理事務課經常檢討本署職權範圍內的相關法例、工作守則和運作手冊，以確保符合運作需要及回應隨社會環境轉變而產生的訴求。該課亦探討創新科技的應用，以強化保安系統和提升運作效率。《小型無人機令》於二零二二年六月一日生效，新法例規管小型無人機的操作，按照小型無人機的重量和不同的操作風險水平，訂立相應的規管要求，包括小型無人機的註冊和標籤、遙控駕駛員的註冊、培訓和考核、設備、操作規定、保險、限制飛行區等。為符合新法例的要求，管理事務課檢視並修訂相關工作守則及運作手冊，同時亦為需要操作小型無人機的職員提供所需訓練。相關職員經培訓及考核後，已註冊為持有進階等級的遙控駕駛員。

研究課致力為本署提供研究支援，以提升本署的運作、監察和檢討等機制的水平，同時安排本署同事參與國際會議及論壇，包括亞洲及太平洋懲教首長會議和國際懲教及獄政專業協會會議等，與不同國家及地區的懲教機構保持緊密溝通，以交流經驗和最佳的工作模式。本署於二零二二年九月參與由新加坡監獄署主辦的第40屆亞洲及太平洋懲教首長線上會議，與來自24個不同國家及地區的懲教首長及代表交換意見。除了進一步了解各地懲教事務的最新發展，學習不同的懲教管理經驗外，亦加強與各地同業的聯繫和溝通，以增進彼此交流，促進懲教事務發展。

二零二二年十月二十四日，法律研究課升格為法律研究組，並增設監督(法律研究及職員審裁)一職，擔任該組主管及專責處理職員的違紀個案，以提升職員紀律聆訊工作的專業性。該組統籌對整體懲教工作有深遠影響的法律事宜，協調律政司與相關組別及院所之間的法律諮詢工作，並負責管理本署知識管理系統內的法律意見中央資料庫，為同事提供法律參考資料。在法律培訓方面，該組不時籌辦不同的相關課程，加強同事的法律知識，以配合部門發展，例如二零二二年安排高級人員參與「主審人員紀律聆訊訓練工作坊」，提升他們的紀律聆訊知識。

近年，恐怖主義活動及形勢不斷轉變，對全球包括香港的安全帶來嚴峻挑戰。鑑於部分涉及黑暴事件及嚴重罪行的人士羈押在懲教院所，懲教署反恐專責組與跨部門反恐專責組各成員部門緊密合作，處理與反恐相關的事宜。反恐專責組強化既有的情報網絡及保安系統，以減低恐怖主義的潛在風險，並杜絕任何恐怖活動在懲教設施內滋生或蔓延。

該組自成立以來，積極安排懲教人員參加反恐相關的訓練課程，以加強他們的反恐意識及警覺性，提升反恐工作的專業水平。

為協助懲教人員應對執勤時可能遇到的恐怖襲擊，本署於二零二二年十一月三十日舉行代號「和諧二十一號」的部門演習，當中增設處理爆炸品和無人機等訓練主題，以測試各單位和前線人員處理突發事故的能力，同時加強本署與其他執法部門的溝通協調及應變能力。當日約150名來自懲教署、消防處、警務處及政府飛行服務隊的人員參與演習，當中包括懲教緊急應變隊及區域應變隊隊員。

此外，於十一月至十二月期間，懲教署反恐專責組在本署不同的區域演習中，亦加入反恐相關的訓練項目，讓懲教人員熟習處理不同事故的應變方法。

為加強反恐方面的社區教育，宣傳共建「安全社區」，懲教署反恐專責組與其他執法部門緊密合作，舉辦不同類型的公眾教育活動。通過與公眾人士直接交流，宣傳反恐知識及提高市民的反恐意識及警覺性。有關活動包括八月十日在屯門中華基督教會何福堂書院舉行的「反恐@社區活動日」、十月二十二日舉行的「大埔區少年警訊學校支會同樂日」，以及十二月十四日在「第56屆工展會」設置攤位展覽。

懲教署投訴調查組是由懲教署署長委任的獨立組別。該組按照ISO品質管理系統的標準，迅速、徹底及公正處理和調查職權範圍內的所有投訴，並有系統地處理每宗個案，致力防止日後再有同類投訴，以及持續提升本署整體服務質素。

投訴調查組於二零二二年收到336宗由在囚人士、公眾人士及本署職員提出的投訴／求助／查詢個案，當中由該組展開全面調查的投訴個案有102宗，轉介院所處理並由該組監察的個案有11宗，經調解處理的個案有1宗，以及列為求助／查詢個案的有222宗。此外，懲教署投訴委員會合共審核和通過107宗投訴個案，並提出38項服務改善建議。

投訴調查組致力在18個星期內完成調查工作。為達到監察與制衡目的，懲教署投訴委員會負責審核投訴調查組的調查結果，並就調查結果作出決定。

投訴人如不滿投訴的調查結果，可向懲教署投訴上訴委員會提出上訴。上訴委員會的獨立性能確保所有上訴個案獲得公正處理。二零二二年，懲教署投訴上訴委員會的非官方委員包括27名太平紳士及4名宗教人士。