左上方為瞭望塔，右上方則是懲教署的英文縮寫「HKCS」。

中間十條顏色柱代表館內十個展覽室，並組合成「M」字，代表博物館(Museum)。

下方「香港懲教博物館」七個字若隱若現，寓意懲教人員雖不常出現在鎂光燈下，卻在背後默默守護香港。